速水玲香惊魂未定，抽泣着叙述：“我…我和教授约好早上一起用早餐，讨论一下…投资的事情。我过来敲门，没人应…门好像也没锁死，我就推开了一条缝，结果就看到…就看到……”她又忍不住尖叫起来，“那条链条挂着，我只能推开一点，但足够看到里面…太可怕了！”
接着，橘美月和黑岩辰男也被请了过来。橘美月脸色苍白，但表现相对镇定，她表示昨晚晚餐后就直接回房休息了，停电时有些害怕，但没敢出门，直到听到尖叫声。她强调了自己与教授的争执仅限于学术和商业层面，对此感到遗憾，但否认有任何进一步的行为。
黑岩辰男则一如既往地沉默寡言，他声称自己一直在隔壁包厢休息，停电时没有离开房间，也没有听到任何异常动静。“教授休息时不喜欢被打扰，我通常只在接到他呼叫或者固定时间才会过去。”他的语气平稳，听不出波澜。但当小五郎询问那个手提箱时，他眼神锐利起来：“那是教授极其重要的发现，他从不离身。现在不见了，一定是被凶手拿走了。”
柯南仔细观察着他们。橘美月说话时，手指下意识地反复缠绕着衣角；黑岩辰男在提到手提箱时，下颌线明显绷紧了一瞬；而速水玲香，在她宽大的丝绸睡衣袖口处，柯南似乎看到了一点不易察觉的勾丝痕迹，颜色……他猛地回想起匕首柄上的纤维。
“丢失的手提箱……”毛利小五郎摸着下巴，开始了他的“推理”，“哼！这很明显了！肯定是有什么厉害的小偷，不知道用什么办法潜入了列车，的目标就是那个价值连城的箱子！结果被教授发现，于是杀人灭口，然后趁着停电逃走了！对，一定是这样！说不定现在还在列车上某个角落藏着呢！”
“立刻组织人手，搜查整列列车！重点是寻找可疑人物和那个手提箱！”小五郎对列车长下令。
然而，大规模的搜查一无所获。列车就仿佛一个完全封闭的罐头，没有多出来的人，也没有找到那个沉重的手提箱。它就像凭空蒸发了一样。
柯南眉头紧锁。小偷外部潜入？在高速行驶的列车上？如何精准找到教授房间？如何在杀人后带着一个沉重箱子消失？更重要的是，那个密室……小五郎的推理根本漏洞百出。
他溜到车厢连接处的垃圾投放口检查了一下，没有发现异常。他又透过走廊窗户看向外面飞速后退的山崖和树林。
（难道……箱子被扔出去了？）柯南脑中闪过一个念头。如果目标是箱子本身，杀人只是不得已而为之，那么凶手很可能已经将箱子抛出了窗外，目的是之后再到铁路沿线寻找？但这需要对其抛出的地点极其熟悉，并且知道那里人迹罕至。
他回想起昨晚橘美月与教授的争执——“它的归属必须慎重”。速水玲香的抱怨——“抱着破箱子像抱着命根子”。还有黑岩辰男鞋底似乎沾着的……等等！鞋底！
柯南立刻跑回案发现场附近，借口捡掉落的硬币，迅速瞥了一眼黑岩辰男之前站立的角落。果然，在地毯上发现了几粒残留的、与教授包厢内相似的深褐色沙土。
（这种沙土……很特别。不像一般山区的土。）柯南若有所思。（出现在教授包厢内，可以理解，可能是他研究带来的。但黑岩先生的鞋底也有……他说是之前跟着教授时沾上的，合理。但是……）
