在一个看似平静的小镇上，一场残忍的谋杀案打破了往日的宁静。一对善良的老夫妇在家中惨遭杀害，现场一片狼藉，财物被洗劫一空。警方迅速展开调查，所有的证据都指向了一个名叫树原亮的年轻人。树原亮是老夫妇所工作的养老院的员工，在案发后行为举止十分可疑，并且在他的住处发现了与案发现场相关的物品。树原亮很快被逮捕并起诉，然而，命运却跟他开了一个残酷的玩笑。在被捕后不久，树原亮遭遇了一场严重的车祸，头部受到重创，丧失了案发前后的重要记忆。他只模糊地记得自己曾走过一段“13级台阶”，但对于这台阶在哪里，以及与案件有何关联，他却一无所知。树原亮被判处死刑，进入了等待执行的阶段。在日本的司法体系中，死刑判决一旦下达，执行的过程往往漫长而复杂。树原亮就这样在监狱中苦苦等待，他的命运悬于一线，而那消失的“13级台阶”成为了揭开真相的唯一线索。
南乡正二是一名经验丰富的死刑执行官。他在监狱工作多年，亲手执行过两次死刑。每次执行死刑，都让他的内心承受着巨大的痛苦和煎熬。他开始对自己的工作产生了怀疑，对死刑制度也有了深刻的反思。南乡正二认为，在司法体系中，存在着误判的可能性，而一旦误判发生，被判处死刑的人将永远失去生命，无法挽回。三上纯一是一个刚假释出狱的年轻人。他曾经因伤害致死罪入狱。在狱中，他努力改造自己，希望能够重新回归社会。然而，出狱后的他却面临着巨大的社会压力和歧视。他找不到工作，周围的人对他充满了警惕和敌意。三上纯一渴望证明自己的清白，渴望重新获得社会的认可。
当南乡正二和三上纯一相遇时，他们的命运就此交织在一起。南乡正二接到了为树原亮调查案件、争取再审的任务。他看中了三上纯一的体力和勇气，决定邀请他一起参与调查。三上纯一为了能够获得一笔报酬，也为了证明自己的能力，欣然答应了南乡正二的邀请。于是，这对背景截然不同的搭档开始了他们艰难的调查之旅
南乡正二和三上纯一首先从树原亮模糊的记忆入手，开始寻找那消失的“13级台阶”。他们走访了树原亮曾经工作过的养老院，向那里的员工和老人打听是否知道有13级台阶的地方。然而，养老院的人们对此一无所知。
接着，他们又来到了案发现场——老夫妇的家中。这是一座古老的房子，周围有一些庭院和附属建筑。他们仔细地在房子周围搜索，希望能够找到那13级台阶。但是，经过一番仔细的查找，他们并没有发现任何线索。在调查的过程中，他们遇到了各种各样的困难和阻碍。一些人对他们的调查表现出了抵触情绪，不愿意配合他们。还有一些人对他们充满了怀疑，认为他们是别有用心。南乡正二和三上纯一并没有因此而气馁，他们继续扩大搜索范围，开始在小镇的各个角落寻找那神秘的13级台阶。他们走访了小镇上的寺庙、学校、废弃的建筑等地方，但是都没有找到符合条件的台阶。随着时间的推移，他们的调查陷入了僵局，那消失的“13级台阶”就像一个谜，始终无法解开。
